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Häufig gestellte Fragen zu Methoden der Mikrobiomforschung
Was versteht man unter 16S und ITS rRNA-Sequenzierung?
Die gängigste Methode zur Erstellung von Profilen mikrobieller Gemeinschaften ist die Sequenzierung des 16S ribosomalen RNA-Gens (rRNA) und der Internal Transcribed Spacer (ITS)-Regionen für Bakterien bzw. Pilze. Aufgrund ihrer universellen Verbreitung und ihres konservierten Charakters sind die 16S rRNA- und ITS-Gene gut etablierte genetische Marker, die zur Identifizierung und Klassifizierung von Bakterien und Pilzen genutzt werden.
Das 16S-rRNA-Gen umfasst sowohl äußerst konservierte als auch hypervariable Regionen. Die konservierten Regionen dienen als Primer-Bindungsstellen für die PCR-Amplifikation der variablen Regionen, und die variablen Regionen enthalten Sequenzen, die zur bakteriellen Identifizierung und Klassifizierung verwendet werden können.
Was versteht man unter metagenomischer Shotgun-Sequenzierung?
Im Gegensatz zur 16S rRNA- und ITS-Sequenzierung erfasst die metagenomische Shotgun-Sequenzierung das gesamte Genom aller in einer Probe vorhandenen Organismen.
Die metagenomische Shotgun-Sequenzierung erfasst die gesamte genetische Information einer Probe; daher können die Daten für verschiedene Analysen genutzt werden, z. B. für die metagenomische Assemblierung und das Binning, die Erstellung von Stoffwechsel-Funktionsprofilen und die Erstellung von Genprofilen die Aufschluss über eine mögliche Antibiotikaresistenz.geben.
Was ist Metatranskriptomik?
Die Metatranskriptomik untersucht das gesamte Genexpressionsprofil mikrobieller Gemeinschaften in natürlichen Lebensräumen. Sie ermöglicht die Quantifizierung der Genexpression und die Erfassung deren Veränderungen als Reaktion auf verschiedene Bedingungen, z. B. die physiologischen und pathologischen Bedingungen in einem Organismus.