PCR digital

Aplicaciones de dPCR basadas en nanoplacas

Aplicaciones superiores de PCR digital basada en nanoplacas

Gracias a la alta sensibilidad, la precisión óptima y la cuantificación absoluta, las PCR digitales permiten detectar blancos poco abundantes o que se encuentran en mezclas complejas, así como variantes alélicas, y supervisar pequeños cambios en los niveles del blanco en una amplia gama de muestras y aplicaciones, como las siguientes:

Descubra las herramientas para que los análisis de dPCR sean más sencillos

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Pruebas de COVID-19 en aguas residuales

Wastewater
Debido a la heterogénea composición de las aguas residuales, se necesita emplear un método capaz de identificar cantidades muy pequeñas de ARN vírico de una mezcla de moléculas de ácidos nucleicos que no son blancos. La PCR digital puede medir bajas concentraciones de ARN de SARS-CoV-2 presente en aguas residuales con gran precisión, además de mostrar una buena correlación con los resultados de la qPCR. Además, la PCR digital puede distinguir y cuantificar con exactitud las variantes derivadas de la mutación del virus de una muestra y también brinda una medición exacta del número de copias de genomas nativos y de variantes.
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¡NOVEDAD! Lea y obtenga información sobre un estudio reciente que se ha realizado en Montpellier, Francia
Los autores utilizaron exitosamente el método de PCR digital QIAcuity como una alternativa a la qPCR para la detección precisa y de alta frecuencia de variantes de SARS-CoV-2 en muestras no invasivas de saliva humana.
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Detección de mutaciones poco frecuentes

Las PCR digitales permiten una mayor sensibilidad en la detección y cuantificación absoluta de variantes de secuencia y eventos poco frecuentes, porque la cuantificación de blancos no depende del número de ciclos de amplificación. Además, gracias al proceso de división, se incrementa la relación señal-ruido y se reducen los falsos positivos en la detección de blancos de baja frecuencia (variantes alélicas, SNP) en una agrupación con un fondo nativo.

A continuación, se indican algunos de los usos cada vez más frecuentes de las PCR digitales para la detección de mutaciones poco frecuentes:

  • Identificación de cáncer residual por debajo de los niveles de detección actuales
  • Detección de nuevas mutaciones y duplicaciones de cáncer
  • Supervisión de mutaciones resistentes a los fármacos
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Rare mutation

Variación en el número de copias

Copy variation

La PCR digital puede detectar las diferencias más pequeñas, incluso una variación inferior al 1,2 en un CNV de cuatro a cinco copias, sin que sea necesario recurrir a una curva estándar. La precisión y sensibilidad de la tecnología permite que el sistema distinga los cambios más sutiles en el número de copias y la precisión es menos sensible a los cambios en la eficiencia de amplificación y a la presencia de inhibidores. Los usos cada vez más frecuentes de la PCR digital para la variación en el número de copias radica en el campo de la investigación sobre el cáncer (análisis y detección de biomarcadores del cáncer), investigación de condiciones neurológicas y estudios de población.

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Recomendaciones y consejos para PCR digitales

Acceda a una recopilación de las 20 preguntas más interesantes y respuestas muy útiles por parte de los invitados al seminario web.
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Análisis de expresión genética

La mayor precisión de las PCR digitales puede proporcionar una resolución superior en muchos aspectos de los análisis de expresión genética. Permiten supervisar hasta el mínimo cambio que se produzca en las expresiones, aunque sea inferior al doble. Las PCR digitales proporcionan una mayor sensibilidad a la hora de cuantificar blancos poco frecuentes o ARN de un material inicial muy limitado.

A continuación, se indican algunos de los usos cada vez más frecuentes de las PCR digitales para la expresión genética:

  • Análisis de eventos de metilación
  • Cuantificación de niveles de transcripción
  • Medición de cambios en niveles de miARN
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gene expression analysis

Terapia genética y celular

group of dividing cells

La PCR digital habilita una gama de aplicaciones de terapia genética y celular, donde se incluyen el título viral y las mediciones del número de copias de vector, así como el desarrollo y la fabricación de terapias genéticas y de células T con receptores quiméricos de antígenos (Chimeric Antigen Receptor, CAR). Asimismo, ayuda a validar la calidad de su producto terapéutico con seguridad. Esto es fundamental en el desarrollo de terapias eficaces y reproducibles al tiempo que se garantiza la seguridad del paciente. 

Descubra la forma en que dPCR QIAcuity puede incrementar la velocidad, el rendimiento y la exactitud de la cuantificación del título viral y cuán sencilla puede ser la transición de su ensayo de qPCR a dPCR para proporcionar resultados consistentes.

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Testimonios
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¿Qué opinan los clientes?

«Cuando trabajas con un gen que es muy variable y tiene un gran número de copias, la resolución de las PCR cuantitativas no es suficiente», afirma la Dra. Johanna Andersson-Assarsson, Researcher y Coordinator del estudio sobre obesidad Swedish Obese Subjects (SOS), departamento de Medicina Clínica y Molecular de la Universidad de Gotemburgo. Según la Dra. Andersson-Assarsso, la PCR digital ha supuesto una especie de revolución en el campo del análisis del número de copias, por su resolución. Hay distintas soluciones para una PCR digital que dan buenos resultados. Lo que me gusta del sistema QIAcuity es lo sencillo y ágil que es el flujo de trabajo. Además, en el proceso se utilizan menos puntas y placas de plástico, por lo que es bueno para el medio ambiente».

«Utilizamos ADN medioambiental (eDNA) para investigar la distribución de las distintas especies en los ecosistemas marinos costeros. Las PCR digitales tienen índices de detección más altos en concentraciones de ADN más reducidas y pueden soportar las concentraciones de inhibidores de PCR más altas que se encuentran en este tipo de ecosistemas. Hace poco, hemos adquirido QIAcuity, la plataforma de dPCR de QIAGEN, porque hemos visto que es muy sencilla y ágil. Permite cuantificar el eADN de las especies invasivas con más precisión y sensibilidad, independientemente de la eficacia de la amplificación», afirma Per Sundberg, CEO, SeAnalytics AB, Gotemburgo, Suecia.
«En un ensayo que realizamos con el nuevo QIAcuity Eight de rendimiento alto, pudimos detectar nuevas variantes de SARS-CoV-2 en muestras de aguas residuales», confirma el Dr. Franz Durandet, Presidente de I.A.G.E. en Montpellier, Francia. «A partir de nuestras pruebas, se ha demostrado que esta tecnología rápida y adaptable de QIAGEN puede suponer una incorporación muy valiosa a nuestros servicios de pruebas biológicas y medioambientales, que podremos ofrecer a nuestros clientes en un futuro próximo».
dPCR, Nicole Masters, John Spear, QIAcuity, customer testimonial, Colorado School of Mines
“Al trabajar con bajas concentraciones de biomasa microbiana, la qPCR es una herramienta adecuada para la cuantificación, aunque esta no es el mejor método. El instrumento dPCR QIAcuity nos permite detectar y cuantificar con consistencia los microorganismos presentes en el suelo, las piedras y el agua”, afirmó el Prof. John R. Spear del departamento de Ingeniería Civil y Ambiental de la Escuela de Minas de Colorado, Colorado, EE. UU.
En la imagen: Nicole Masters, estudiante de posgrado
“Nos encanta utilizar el sistema de PCR digital QIAcuity en nuestro laboratorio para la cuantificación absoluta de dianas a partir de una amplia variedad de muestras. El flujo de trabajo es sencillo, se puede aprender con facilidad y genera resultados increíblemente consistentes y susceptibles”, comentó Drew Capone (en medio) junto a sus colegas de la Universidad de Carolina del Norte en Chapel Hill, NC (UNC).
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A veces, resulta más cómodo y rápido ampliar los recursos internos con soluciones que ofrezcan la experiencia y los servicios perfectamente adaptados que le garanticen unos datos de calidad óptima. Descubra todo lo que le pueden proporcionar nuestros servicios de PCR digital en los procesos de cuantificación sensible y reproducible de ácidos nucleicos para las aplicaciones de variación en el número de copias y detección de mutaciones poco frecuentes.

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