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Preguntas frecuentes sobre métodos de investigación de microbioma
¿Qué es la secuenciación de ARNr 16S e ITS?
El método más común utilizado para la elaboración de perfiles de comunidades microbianas es la secuenciación del gen de ARN ribosomal (ARNr) 16S y las regiones de espaciador transcrito interno (Internal Transcribed Spacer, ITS) para bacterias y hongos, respectivamente. Debido a la distribución universal y la naturaleza conservada, el ARNr 16S y los genes ITS son marcadores bien establecidos que se usan para la identificación y la clasificación bacteriana y fúngica.
El gen ARNr 16S consta de regiones muy conservadas y también hipervariables. Las regiones conservadas sirven como ubicaciones de unión de cebador para la amplificación por PCR de las regiones variables, y las regiones variables contienen secuencias que pueden usarse para la identificación y la clasificación bacteriana.
¿Qué es la secuenciación metagenómica indiscriminada?
En contraste con la secuenciación de ARNr 16S e ITS, la secuenciación metagenómica indiscriminada cubre todo el genoma de todos los organismos presentes en una muestra.
La secuenciación metagenómica indiscriminada cubre toda la información genética de una muestra; por lo tanto, los datos pueden usarse para varios análisis, por ejemplo, los conjuntos y la agrupación metagenómica, la elaboración de perfiles de funciones metabólicas y de genes con resistencia antibiótica.
¿Qué es la metatranscriptómica?
La metatranscriptómica estudia el perfil completo de expresión genética de las comunidades microbianas en entornos naturales vivos. Permite la cuantificación de los niveles de expresión genética y sus cambios en respuesta a distintas condiciones, por ejemplo, condiciones fisiológicas frente a patológicas en un organismo.