Verogen ForenSeq mtDNA Whole Genome Kit

• Recuperación de datos excepcional con una entrada de ADN mínima
• Panel ampliado que facilita los estudios de población
• Ofrece resolución adicional para muestras considerablemente degradadas
• Capacidad de multiplexado que impulsa la eficiencia operativa

El ForenSeq mtDNA Whole Genome Kit ofrece una preparación de genotecas práctica y rentable para la secuenciación del genoma mitocondrial (mt) completo con una entrada de ADN mínima y una recuperación de datos excepcional. Aprovechando la química probada de ForenSeq, el kit produce conjuntos de datos ampliados que promueven estudios de población o brindan resolución adicional para muestras severamente degradadas. Además, esta solución tiene el precio de catálogo más bajo de todos los ensayos del genoma completo del mercado. Su capacidad de multiplexado impulsa la eficiencia operativa sin aumento de costes ni de tiempo.

El ForenSeq mtDNA Whole Genome Kit ofrece la máxima resolución para la secuenciación del genoma mitocondrial (mt) en los productos de preparación de genotecas de Verogen. Los amplicones en mosaico, los tampones adecuados para el fin previsto y un protocolo cuidadosamente diseñado facilitan el análisis del extremo inferior de cantidades de entrada de ADN, diversos tipos de muestras y una amplia variedad de aplicaciones forenses y de base de datos; estas incluyen personas desaparecidas, identificación de víctimas de catástrofes (IVC) y estudios de población.

• Alta sensibilidad en una amplia variedad de entradas de ADNg
• Mayor recuperación de muestras con niveles bajos
• Resistencia estable a los inhibidores habituales

El protocolo incluye una segunda purificación opcional para mejorar aún más el rendimiento de las muestras de bajo nivel y complejas. En la figura “Alta cobertura en una amplia variedad de cantidades de ADN de entrada” se muestra una comparación de los resultados de cobertura para genotecas con y sin una segunda purificación. En comparación con una única purificación, la realización de dos purificaciones muestran avances progresivos en la cobertura, terminando con una mejora del 90 % con 2 pg (consulte la figura “Mejora de la lectura de recuentos con una segunda purificación”). Otro desafío en el análisis de muestras forenses es la presencia habitual de inhibidores de la PCR que pueden comprometer la preparación de genotecas. Cuando se añadieron cantidades diversas de tres inhibidores habituales en las muestras de ADNmt forense a 100 pg de Control DNA HL60, los resultados de la figura “Tampones con gran resistencia a inhibidores de PCR relevantes” mostraron una resistencia alta con una cobertura uniforme en todas las entradas.

El ensayo de PCR dirigido despliega pequeños amplicones obtenidos de las bases de datos de ADNmt más recientes para mejorar la detección de variantes. En un enfoque de cebador en mosaico, los amplicones se solapan para evitar espacios de secuencia que puedan provocar pérdida de datos, especialmente en muestras degradadas. Como complemento de este diseño de cebador en mosaico, un sistema de tampón mejorado proporciona una resistencia excepcional al calcio, el ácido húmico y otros inhibidores de la PCR importantes.

Esta solución fácil de usar y compatible con la automatización proporciona un flujo de trabajo común para diversos diseños de estudio que abarcan varias aplicaciones. El protocolo incluye dos métodos de normalización para adaptar la preparación de genotecas a una amplia variedad de material de entrada: desde ADN genómico (ADNg) de alta calidad hasta muestras de bajo nivel y complejas. Un requisito de bajo nivel aumenta las posibilidades para las muestras más complicadas. Para un uso eficiente del kit de reactivos y una asignación de lecturas exacta, los adaptadores de índice que incluye el kit de preparación de genotecas permiten el agrupamiento y la secuenciación de hasta 16 muestras en una sola serie. El diseño de amplicones en mosaico del kit de genoma completo es adecuado para el análisis del genoma mitocondrial (mt) humano completo de 16 569 pb. El ensayo incluye reactivos para amplificar unos 500 amplicones pequeños y abarcar el genoma completo en dos reacciones de PCR.

El ADN mitocondrial es una formidable fuente de información alternativa cuando el ADN nuclear se ha visto comprometido o está ausente. El ADNmt, que se usa con cabello sin raíz, dientes, huesos y otras fuentes complicadas, ha pasado a formar parte del proceso rutinario en casos de personas desaparecidas e identificación de víctimas de catástrofes. En el pasado, los problemas de calidad y escala relacionados con los métodos de secuenciación de Sanger tradicionales han confinado el ADNmt a un papel determinado en unos pocos centros especializados. Los flujos de trabajo de ADNmt de Verogen ofrecen una combinación única de rendimiento, eficiencia y facilidad de uso; gracias a ello, los laboratorios (sea cual sea su capacidad) pueden trasladar el análisis de ADNmt de la secuenciación de Sanger a NGS, o mejorar los resultados que se obtienen con otras tecnologías de NGS.

Para lograr una revisión rápida de los datos del ADNmt, el ForenSeq mtDNA Whole Genome Kit se combina sin problemas con el ForenSeq mtDNA Analysis Module en Universal Analysis Software (UAS). UAS proporciona una plataforma de NGS para el análisis y gestión de datos genómicos forenses, lo que simplifica la bioinformática compleja. El software analiza la salida de secuenciación del genoma mitocondrial completo y genera resultados menos de una hora después de completarse la serie. Los laboratorios pueden revisar resultados resumidos o detallados, así como comparar hasta nueve muestras en una interfaz de usuario clara e interactiva. Los informes son compatibles con varias bases de datos de ADN.

Ofrecemos una asistencia superior en todo el flujo de trabajo, desde la preparación de bibliotecas hasta la secuenciación y el análisis. Nuestro experimentado equipo ofrece cobertura de servicio total para su equipo y su software, planes de validación y orientación para implementaciones. De este modo, puede poner en práctica sus flujos de trabajo con facilidad.