Verogen ForenSeq mtDNA Whole Genome Kit

• Extraction de données exceptionnelle à partir d’une entrée d’ADN minime
• Un panel étendu facilite les études des populations
• Offre une résolution supplémentaire pour les échantillons fortement dégradés
• Les capacités de multiplexage améliorent les performances opérationnelles

Le ForenSeq mtDNA Whole Genome Kit est une solution pratique et économique de préparation de banque pour le séquençage du génome mitochondrial (MT) entier avec une entrée d’ADN minime et une extraction exceptionnelle de données Grâce à l’analyse ForenSeq éprouvée, ce kit produit d’importantes séries de données qui facilitent les études des populations ou offrent une résolution supplémentaire pour les échantillons fortement dégradés. En outre, cette solution présente le prix courant le plus bas de tous les dosages du génome entier proposés dans le commerce. Les capacités de multiplexage améliorent les performances opérationnelles sans augmentation de coût ou de durée.

Le ForenSeq mtDNA Whole Genome Kit offre la résolution la plus élevée pour le séquençage du génome mitochondrial dans la gamme de préparation de banque Verogen. Des amplicons en mosaïque, des tampons parfaitement adaptés et un protocole conçu avec soin permettent d’utiliser de très petites quantités d’entrée d’ADN, divers types d’échantillons et toute une gamme d’applications de criminalistique et de base de données, notamment la recherche de personnes disparues, l’identification des victimes d’une catastrophe et les études des populations.

• Grande sensibilité avec diverses entrées d’ADNg
• Récupération améliorée d’échantillons de faible quantité
• Solide résistance aux inhibiteurs courants

Le protocole comprend une seconde purification facultative afin d’améliorer encore les performances des échantillons basiques et complexes. La figure « Une grande couverture avec des quantités initiales variables d’ADN » présente une comparaison des résultats de couverture pour les banques avec et sans la seconde purification. Comparées à une seule purification, deux purifications montrent une évolution progressive de la couverture, allant jusqu’à 90 % d’amélioration à 2 pg (voir la figure « Amélioration des valeurs avec une seconde purification »). Autre défi pour l’analyse des échantillons en criminalistique, la présence fréquente d’inhibiteurs de PCR susceptibles de compromettre la préparation de banque. Lorsque des quantités variables de trois inhibiteurs courants dans les échantillons d’ADNmt en criminalistique ont été ajoutées à 100 pg d’ADN de contrôle HL60, les résultats indiqués sur la figure « Tampons hautement résistants face à des inhibiteurs de PCR importants » ont démontré une forte résistance avec couverture homogène sur l’ensemble des quantités.

Le dosage par PCR ciblé déploie de petits amplicons issus des dernières bases de données d’ADNmt pour une meilleure détection des variants. Une approche d’amorce en mosaïque chevauche les amplicons afin d’éviter les espaces dans la séquence qui peuvent entraîner une perte de données, surtout dans les échantillons dégradés. En complément de cette conception en mosaïque des amorces, un système de tampon optimisé offre une résistance exceptionnelle au calcium, à l’acide humique et à d’autres inhibiteurs de PCR importants.

Cette solution conviviale et compatible avec l’automatisation propose une procédure commune pour diverses conceptions d’étude destinées à de multiples applications. Le protocole comprend deux méthodes de normalisation pour adapter la préparation de banque à divers matériels initiaux, de l’ADN génomique (ADNg) de grande qualité aux échantillons basiques et complexes. Si la quantité initiale requise est faible, les possibilités sont plus nombreuses pour les échantillons les plus difficiles. Pour une utilisation efficace du kit de réactif et une attribution précise des lectures, les adaptateurs à identifiant présents dans le kit de préparation de banque permettent de regrouper et séquencer jusqu’à 16 échantillons en un seul cycle. La conception des amplicons en mosaïque du kit pour le génome entier est adaptée à l’analyse du génome mitochondrial humain entier de 16 569 pb. Le dosage inclut des réactifs pour amplifier environ 500 petits amplicons et couvrir le génome entier dans deux réactions de PCR.

L’ADN mitochondrial constitue une autre source d’informations intéressante si l’ADN nucléaire est compromis ou absent. Utilisé pour les cheveux sans racines, les dents, les os et d’autres sources difficiles, l’ADNmt est de plus en plus courant pour la recherche de personnes disparues et l’identification des victimes d’une catastrophe. Autrefois, les problèmes de qualité et d’échelle inhérents aux méthodes classiques de séquençage Sanger limitaient l’exploitation de l’ADNmt à quelques établissements spécialisés. Les procédures Verogen avec ADNmt offrent une combinaison unique de performance, efficacité et facilité d’utilisation, ainsi n’importe quel laboratoire, quelle que soit sa taille, peut passer du séquençage Sanger au NGS pour l’analyse de l’ADNmt, ou améliorer les résultats obtenus avec d’autres technologies de NGS.

Pour une consultation rapide des données d’ADNmt, le ForenSeq mtDNA Whole Genome Kit s’associe parfaitement au ForenSeq mtDNA Analysis Module dans le logiciel d’analyse universel (Universal Analysis Software, UAS). L’UAS offre une plate-forme de NGS pour l’analyse et la gestion des données de génomique en criminalistique, simplifiant ainsi une bio-informatique complexe. Le logiciel analyse le résultat du séquençage du génome mitochondrial entier et donne les résultats moins d’une heure après la fin du cycle. Les laboratoires peuvent consulter les résultats synthétisés ou détaillés et comparer jusqu’à neuf échantillons dans une interface utilisateur claire et interactive. Les rapports sont compatibles avec plusieurs bases de données d’ADN.

Nous proposons une assistance optimale tout au long de la procédure, de la préparation de banque au séquençage en passant par l’analyse. Notre équipe d’experts offre un service complet pour vos équipements, logiciels et plans de validation, et vous guide pour l’installation pour que vous puissiez utiliser vos procédures rapidement et facilement.