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R.E.A.L. Prep 96 Plasmid Kit

シークエンシンググレードのプラスミド、コスミド、BAC、PAC、P1 DNAを迅速に精製

Features

  • プラスミド、コスミド、BAC、PAC、P1 用に最適化済みのプロトコール
  • 高いDNA 収量

Product Details

R.E.A.L.Prep 96 Kit は、QIAvac 96 あるいはBioRobot 3000/8000ワークステーション(販売終了)での調製に最適な96 ウェル精製プレートで、シークエンシンググレードのプラスミドDNA が得られます。

Performance

R.E.A.L. Prep 96 Plasmid Kit にはQIAfilter 96 プレート、増殖用のブロック、そして96個のプラスミドあるいはコスミドミニプレップに必要な全てのものが含まれています。R.E.A.L.Prep 96 Plasmid操作で、自動シークエンシング(図"ショットガンクローンの信頼性のあるシークエンシング")とスクリーニング法を含む、制限酵素分解、マイクロアレイ解析などのルーチンのハイスループットアプリケーションに適したプラスミドDNAを再現性高く精製することができます(図 "再現性ある収量")。

R.E.A.L.を用いたプラスミド、コスミドおよびバクテリア系の成功例
プラスミド コスミド(45~50 kb) BAC(80~120 kb) バクテリア系
end A- end A+
pUC18/19 Lorist pBeloBAC DH5α
HB101
pBluescript Lawrist
XL1-Blue
NM554
pGEM pWE15 SOLR
pTZ19R pOU61 DH10B

Principle

R.E.A.L.Prep 96システムは、ハイスループット自動シークエンシングプロジェクトでの使用に最適な操作手順を提供します。本システムを用いて良好な結果が得られた高コピーおよび低コピープラスミド、BACおよび大腸菌株等のいくつかの例を表 “R.E.A.L. Prep 96を用いたプラスミド、コスミドおよびバクテリア系の成功例” に示しました。

R.E.A.L.Prep 96操作手順は、QIAfilterモジュールを使用するろ過によるライセート清澄化と、イソプロパノール沈殿による更なるDNA濃縮の前に行なうバクテリア細胞のアルカリ溶解の改良された方法に基づいています。得られたDNAを少量のTrisバッファーで再懸濁して、即使用可能な状態にします。どのステップでも、フェノール、クロロホルム、CsCl、および臭化エチジウムを使用しません。

Procedure

R.E.A.L.Prep 96では、遠心操作と吸引法により96サンプル単位で並行処理が可能です(フローチャート"R.E.A.L.Prep 96操作手順"参照)。本調製法では、改良されたアルカリ溶解法に続いて、ライセートは特殊なフィルターであるQIAfilter 96により効率的にろ過されます。通常1.3 ml のLB培養液からは7 μgまで、同量のTBあるいは類似の培養液からは20 μgまでのプラスミドDNAが得られます。適切なBAC用プロトコールを使用することにより、2.5 ml のバクテリア培養液から800 ngまでの大きなプラスミドDNAを精製できます。

マルチウェルブロック中で増殖したバクテリアをペレット状にし、改良されたアルカリ法で溶解します。必要に応じて行なわれる加熱ステップでは、さらにタンパク質や炭水化物を変性かつ沈殿させ、それらをQIAfilter 96プレートに通して、吸引ろ過します。ろ過液中のDNAは、イソプロパノール沈殿操作により濃縮します。

同じベクター/宿主系の場合は、1つのブロックで全てのサンプルを同時に処理できるので、標準化には最適です。異なったベクター/宿主系の組み合わせでは、培養液の選択や培養時間をそれぞれ至適化する必要があります。

R.E.A.L.Prep 96 Plasmid Kitは、QIAfilter 96プレート、培養ブロックなどの、96のプラスミドミニプレップまたはコスミドミニプレップを複数単位で調製するためのコンポーネントを備えています。R.E.A.L.Prep 96 Kit にはQIAvac 96を使用します。R.E.A.L. Prep 96を使用するBAC精製操作では、BACクローンに最適な培養条件を与えるために48ウェルブロックを使用する必要があります。48ウェルブロックは、R.E.A.L.に含まれていません。R.E.A.L. Prep 96 Plasmid Kitの並行処理によって、96個のサンプルを60~75分で精製することができます。

Applications

R.E.A.L.Prep 96 調製法で精製したDNAは、量および品質ともにルーチンワークおよびハイスループットアプリケーションに最適です。

  • シークエンシング
  • スクリーニング法

Supporting data and figures

Specifications

FeaturesSpecifications
Applications
Plasmid type
Culture volume/starting material
Samples per run (throughput)
Technology
Processing
Yield
Time per run or prep per run

Resources

Publications

Parallel human genome analysis: microarray-based expression monitoring of 1000 genes.
Schena M; Shalon D; Heller R; Chai A; Brown PO; Davis RW;
Proc Natl Acad Sci U S A; 1996; 93 (20):10614-9 1996 Oct 1 PMID:8855227

FAQ

Can I use LyseBlue with R.E.A.L. Prep 96, QIAwell Ultra, or QIAprep 96 Turbo Miniprep Kits for the BioRobot systems?

For high-throughput BioRobot plasmid isolation systems such as R.E.A.L. Prep 96, QIAwell Ultra, or QIAprep 96 Turbo Miniprep, there is no need for visual lysis control with LyseBlue reagent, because

  1. insufficient resuspension and lysis have not been observed with these systems
  2. automation systems already handle the lysis steps well enough
  3. optical reading capabilities are not implemented on our BioRobot platforms
FAQ ID -863
Can Buffer R1 of the R.E.A.L. Prep 96 Plasmid Kit be replaced with Buffer P1?

Yes, it is possible to use Buffer P1 instead of Buffer R1 with the R.E.A.L. Prep 96 Plasmid Kit.

FAQ ID -823
Can BAC DNA prepared with the R.E.A.L. Prep 96 Plasmid Kit be used for high-throughput sequencing?

Yes. DNA prepared using the R.E.A.L. Prep 96 Plasmid Kit is well suited for high-throughput Capillary Electrophoresis (CE) DNA sequencing, or for fluorescent BAC DNA end sequencing on ABI PRISM 377 vertical slabgel sequencers. An optimized protocol for the purification of BAC DNA suitable for end sequencing on CE machines using R.E.A.L. Prep 96 is presented in QIAGENNews article 'High-throughput sequencing of plasmid and BAC DNA prepared using the REAL Prep 96 Plasmid Kit'. Typical sequence read lengths are around 600 bp.

High sample quality is essential for most sequencing applications on CE instruments. After intensive use of such sequencers (e.g., ABI PRISM 3700, MegaBACE 1000) in QIAGEN laboratories, a large set of statistical data on the quality and performance of DNA purified using the R.E.A.L. Prep 96 Plasmid Kit is available.

If you would like to take advantage of the Sequencing Service that we offer here at QIAGEN, please contact QIAGEN Technical Service.

FAQ ID -643
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