GeneRead QIAact Panels, Powered by QCI
実用的な知見が得られるパネル
✓ 24/7 automatic processing of online orders
✓ Knowledgeable and professional Product & Technical Support
✓ Fast and reliable (re)-ordering
GeneRead QIAact BRCA 1/2 panel
Cat. No. / ID: 181920
Four multiplexed primer mixes designed to amplify all coding regions of the BRCA1 and BRCA2 genes.
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GeneRead QIAact Panelsは研究用です。疾病の診断、治療または予防の目的には使用することはできません。
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Features
- GeneRead QIAact Panel ファミリーの第一弾
- 研究に関連性が最も高い遺伝子および変異を精査したデザイン
- GeneReader NGS System で実証済みのパフォーマンス
- FFPE サンプル由来のDNA を用いて検証済み
Product Details
GeneRead Actionable Insights Tumor Panel は、常時アップデートしている包括的なQIAGEN Knowledge Base を用いてデザインされています。パネル内容は、NGS を用いたがん研究者として高名なアメリカやヨーロッパの専門家と共に広範囲にわたって検討されました。その結果、医学的意義が非常に高い12 遺伝子における773 の変異セットをデザインし、このセットによりお客様の研究に必要かつ充分な情報のみをご提供します。
Performance
In verification studies conducted with FFPE tumor samples and high quality DNA extracted from Coriell immortalized tumor cell lines as starting material, the GeneRead QIAact BRCA 1/2 panel performed to a high level on the GeneReader NGS System. At a 5% variant allele frequency the workflow demonstrated 100% precision and sensitivity, successfully identifying all mutations present in the samples tested. A high degree of reproducibility was observed between sample batches, workflow operators and GeneReader systems.
Principle
DNA シーケンスは、体細胞変異、SNPs 、短い挿入や欠失を含む遺伝子変異の検出に有用なツールです。ターゲットエンリッチメント・テクノロジーにより、NGS ユーザーはゲノム全体ではなく、興味あるターゲット領域のみの配列決定を行ない、シーケンス深度およびスループットを低コストで効果的に向上できます。GeneRead QIAact Panels、Powered by QCI は、マルチプレックスPCR に基づくターゲットエンリッチメント・テクノロジーと高性能なプライマーデザイン・アルゴリズムを組み合わせています。この手法は、NGS による遺伝子変異を検出するために、ヒトゲノムのあらゆる遺伝子あるいはターゲット領域の増幅およびエンリッチメントが可能です。接近したプライマーセットと相互作用するプライマーペアは別のプールに分離され、最適なパフォーマンスを実現します。
GeneRead QIAact Panels、Powered by QCI は、遺伝子パネルの解析用にデザインされ、QIAGEN GeneReader と共に使用されます。ターゲットのエンリッチメントプロセスは、QIAGEN GeneReader のような中規模スループットを持つシークエンサーを有効利用に最適です。GeneRead QIAact Panels, Powered by QCI は、GeneRead DNAseq Panel PCR Kit V2 との組み合わせで最適化され、最高の感度と直線性を持つマルチプレックス増幅を実現します。PCR 法の簡便性で、これらのパネルは臨床研究室でルーチン的に使用可能です。
Actionable Insights Tumor Panel は、GeneRead QIAact Panels、Powered by QCI の最初の製品で、前例のないプロセスで開発されました。具体的には、承認薬表示、専門別の実務ガイドライン、現在行なわれている後期臨床試験のような臨床的に関連した調査結果のみにフォーカスし、専門的に精選したQIAGEN Knowledge Base を活用しています。その結果、特定の疾患にとって重要な遺伝子および変異だけをターゲットにしたパネルになるようデザインされ、必要十分な情報を提供できます。
Procedure
The GeneRead QIAact BRCA 1/2 Panel is a PCR amplicon-based assay designed to amplify all coding regions of the BRCA1 and BRCA2 genes.The sequences of the amplicons are determined and compared with the reference sequences for the BRCA1/2 genes.
In the first step of the GeneRead QIAact BRCA 1/2 Panel workflow (Target PCR), the full coding regions of the BRCA1/2 genes (including at least 20 nucleotides adjacent) are amplified in 4 separate multiplex PCR for each sample.
In the second step of the workflow (Sample Pooling and Purification), the purified PCR products for each sample (total of 4 reactions) are pooled before proceeding to bead purification.
Subsequently the resulting purified PCR products from each sample are subjected to library construction. The purified PCR products generated from a single sample are individually bar coded with GeneReader-compatible adapters at each end prior to a universal PCR amplification. The prepared libraries are quantified using the QIAxcel instrument and pooled in equimolar amounts. The pooled amplified libraries are subjected to clonal amplification by emulsion PCR before sequencing on the GeneReader platform. Following sequencing, demultiplexed raw data files (FASTQ files) are imported to the QCI-A software for deeper analysis to identify variant positions compared with the reference sequences for the BRCA1/2 genes.
To ensure good quality results, in-process control criteria are used throughout the workflow, as outlined in the GeneRead QIAact BRCA 1/2 Panel Handbook . These criteria allow validation of the different steps of the workflow to identify samples that give poor sequencing results.
In the first step of the GeneRead QIAact BRCA 1/2 Panel workflow (Target PCR), the full coding regions of the BRCA1/2 genes (including at least 20 nucleotides adjacent) are amplified in 4 separate multiplex PCR for each sample.
In the second step of the workflow (Sample Pooling and Purification), the purified PCR products for each sample (total of 4 reactions) are pooled before proceeding to bead purification.
Subsequently the resulting purified PCR products from each sample are subjected to library construction. The purified PCR products generated from a single sample are individually bar coded with GeneReader-compatible adapters at each end prior to a universal PCR amplification. The prepared libraries are quantified using the QIAxcel instrument and pooled in equimolar amounts. The pooled amplified libraries are subjected to clonal amplification by emulsion PCR before sequencing on the GeneReader platform. Following sequencing, demultiplexed raw data files (FASTQ files) are imported to the QCI-A software for deeper analysis to identify variant positions compared with the reference sequences for the BRCA1/2 genes.
To ensure good quality results, in-process control criteria are used throughout the workflow, as outlined in the GeneRead QIAact BRCA 1/2 Panel Handbook . These criteria allow validation of the different steps of the workflow to identify samples that give poor sequencing results.
Applications
QIAGEN GeneReader® を用いた次世代シーケンス（NGS）アプリケーション前のターゲットエンリッチメント用に最適です。
Resources
Kit Handbooks (1)