AllPrep DNA/RNA FFPE Kit

ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織切片からゲノムDNA とトータルRNA （small RNAを含む）の同時精製

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AllPrep DNA/RNA FFPE Kit (50)

Cat. No. / ID: 80234

50 RNeasy MinElute Spin Columns, 50 QIAamp MinElute Spin Columns, Collection Tubes, RNase-Free Reagents, and Buffers

MX$17,319.00

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数量

AllPrep DNA/RNA FFPE Kitは分子生物学的アプリケーション用であり、疾病の診断、予防、あるいは治療に使用することはできません。

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特徴

最小限のサンプルから最大限の結果を実現
品質を損なうことなく DNAとRNA を遊離
DNA と RNA を効果的に分離
同一 FFPE サンプルにおいて DNA／RNAを包括的に解析

製品詳細

ゲノムおよび転写産物のデータを正確に比較するためには、同一サンプルからDNAとRNAを精製することが不可欠です。AllPrep DNA/RNA FFPE Kitは特許申請中の溶解法を使用して、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織切片からDNAおよびRNAを精製します。精製された核酸はリアルタイムPCRおよびパイロシークエンスなどのアプリケーションに最適です。

パフォーマンス

AllPrep DNA/RNA FFPE Kitを用いて精製したDNAおよびRNAは、QIAamp FFPE Tissue KitおよびRNeasy FFPE Kit／miRNeasy FFPEを用いてそれぞれ精製した DNAおよびRNAに匹敵する品質をもっています（図“”）。したがって精製核酸はパイロシークエンス解析あるいはリアルタイムPCR／RT-PCRなどのダウンストリーム･アプリケーションに最適です（図“”および“”）。

図参照

Purification of DNA and RNA from FFPE samples.

Reliable amplification of DNA and RNA from FFPE samples.

Array analysis following preamplification of cDNA targets.

原理

AllPrep DNA/RNA FFPE Kit は、FFPE組織切片からのゲノムDNA とトータルRNAの同時精製用に特別にデザインされています。生体サンプルを分割する必要があるほかの精製法とは異なり、本法ではサンプルを分割せずに高純度DNAおよびRNAが得られます。DNAおよびRNAを別々に精製するためにサンプルを分割すると、性質の異なる可能性のある細胞集団からDNAおよびRNAを精製することになります。また、FFPEサンプルは貴重かつ回収が困難で、量が限られているために、同一サンプルからのDNAおよびRNAの精製はサンプルの浪費を回避することができます。

固定と包埋条件のために、通常FFPEサンプル中の核酸は著しく断片化され、新鮮あるいは凍結したサンプルから得られた核酸よりも分子量が低くなることが頻繁にあります。同一のFFPEサンプルからのDNAおよびRNAを分離する際の大きな問題は、断片化DNAが短く、部分的に一本鎖であり、インタクトなDNAよりもRNAに類似していることです。この断片化DNAの特性のためにDNAおよびRNAの物理的な分離は困難です。AllPrep DNA/RNA FFPE Kitは、特許申請中の溶解法により同一FFPEサンプルからDNAとRNAを別々に遊離できます。

またFFPEサンプル中の核酸はホルムアルデヒドにより化学的に修飾されます。ホルムアルデヒドによるクロスリンクはゲル電気泳動やラボオンチップ解析などの通常の品質管理アッセイでは検出されませんが、酵素的な解析を強く阻害します。AllPrep DNA/RNA FFPE Kitは、DNAやRNAを分解することなくホルムアルデヒドによるクロスリンクを切断するように最適化されています。

操作手順

同一のFFPE組織切片サンプルから高品質なDNAおよびRNAを簡単な操作手順で精製できます（フローチャート“”）。AllPrep DNA/RNA FFPE Kitは、特許申請中の溶解法により同一FFPEサンプルからDNAとRNAを別々に遊離できます。この方法では、FFPEサンプルを至適化済みの溶解バッファーとインキュベートすることで、RNAが遊離しDNAは沈殿します。遠心操作後、RNAを含む上清とDNAを含むペレットは別々の操作により精製されます。さらにインキュベーションにより部分的にクロスリンクは切断され、その後RNeasy MinElute Spin ColumnあるいはQIAamp MinElute Spin Columnを用いてRNAあるいはDNAを精製します。精製RNAに関しては、カラム上でのDNase処理によりコンタミしたDNAを効率的に除去します。RNAの結合条件によって、miRNAなどのsmall RNAを含むRNA、または含まないRNAの精製が可能です。スピンカラム処理を行なう前にDNAとRNAは既に分離されているため、精製されたDNAのRNAコンタミは最小限に抑えられていますが、オプションでカラム上でのRNase処理を行なうこともできます。

図参照

AllPrep DNARNA FFPE procedure.

アプリケーション

AllPrep DNA/RNA FFPE Kitは、DNAやRNAを分解することなくホルムアルデヒドによるクロスリンクを切断するように最適化されています。しかしFFPEサンプルから精製した核酸は、高分子のDNAや完全長RNAを必要とするダウンストリームアッセイには推奨されません。いくつかのアプリケーションでは断片化した核酸を使用できるように実験を変更する必要があります（例えばPCRやRT-PCRで短い増幅産物が得られるようにプライマーをデザイン）。cDNA合成にはoligo-dTプライマーの代わりに遺伝子特異的なプライマーの使用を推奨しています。遺伝子特異的なプライマーの使用が不可能な場合は、ランダムプライマーを使用します。

裏付けデータと数値

Purification of DNA and RNA from FFPE samples.

[A] Genomic DNA was purified from various FFPE rat tissues that were stored at room temperature for the times indicated. Purification was performed using either the AllPrep DNA/RNA FFPE Kit or, as a control, the QIAamp DNA FFPE Tissue Kit (a dedicated kit for DNA purification from FFPE samples) both including RNase digestion. DNA yields from 20 μm sections of each sample were determined by absorbance measurement. [B] RNA was purified from various FFPE rat tissues that were stored at room temperature for the times indicated. Purification was performed using either the AllPrep DNA/RNA FFPE Kit or, as a control, the RNeasy FFPE Kit (a dedicated kit for RNA purification from FFPE samples). RNA yields from 10 μm sections of each sample were determined by absorbance measurement. The AllPrep Kit performed just as well as the dedicated DNA/RNA purification kits in recovering DNA/RNA from FFPE samples.

Specifications

Features	Specifications
Applications	PCR, qPCR, real-time RT-PCR, microarray
Elution volume	RNA: 14-30µl ; DNA: 30-100µl
Purification of total RNA, miRNA, poly A+ mRNA, DNA or protein	RNA (miRNA) and DNA
Processing	Manual (centrifugation)
Format	Spin column
Number of preps per run	50
Sample amount	max. 410 µm sections or 220 µm sections
Technology	Silica technology
Time per run or per prep	6h for 10 samples, including sectioning
Yield	Varies
Main sample type	FFPE tissue samples

リソース

Sample to Insight solutions for successful molecular analysis

High-quality, nucleic acid purification for successful PCR and NGS experiments.

Critical factors for molecular analysis of FFPE samples

Download Safety Data Sheets for QIAGEN product components.

FAQ

The most important components of Buffer FRN are guanidine thiocyanate and isopropanol. Isopropanol is added by the user before using the AllPrep DNA/RNA FFPE Kit for the first time. The exact composition of Buffer FRN is confidential.

FAQ ID -2802

The exact composition of Buffer PKD is proprietary. Buffer PKD functions as a Proteinase K Digestion Buffer and is a component of, for example, the AllPrep DNA/RNA FFPE Kit, RNeasy FFPE Kit, and the miRNeasy FFPE Kit. We are sometimes asked if Buffer PKD comprises any RNase inhibitors or RNase inhibiting agents — since the formalin-fixation of the starting material has already inactivated the RNases, no such reagents are present in this buffer.

FAQ ID -2801

DNA and RNA yield from FFPE tissue depends highly on the tissue type, fixation, embedding, storage conditions, and the age of the sample. Thus, no general values for DNA or RNA yield can be given.

FAQ ID -2353

Purified DNA can be stored at 2 to 8°C for up to 24 hours before use in downstream applications and should be placed at –20°C for longer storage. Purified RNA should be stored at –20oC or –70oC in RNase-free water.

FAQ ID -2350

Yes, gained yields and quality are comparable. Separation of RNA from DNA in the AllPrep protocol is highly effective. As A260 values measure both DNA and RNA, lower A260 values from DNA purified using the AllPrep DNA/RNA FFPE Kit may indicate high DNA purity and the absence of contaminating RNA. Higher A260 values from DNA purified using alternative methods may indicate the presence of significant amounts of contaminating RNA.

FAQ ID -2349

Prior to nucleic acid purification, the paraffin in an FFPE sample needs to be removed to allow exposure of the sample to proteinase K. Deparaffinization can either be performed using QIAGEN’s Deparaffinization Solution (recommended), heptane-methanol, or xylene.

FAQ ID -2352

Yes. The AllPrep DNA/RNA FFPE Kit includes a special protocol for micro RNA purification.

FAQ ID -2348

With the AllPrep DNA/RNA FFPE Kit up to 4*10µm sections or 2*20µm sections with a maximum surface area of 150mm² can be used. Thicker or larger sections may result in lower nucleic acid yields, even after prolonged incubation with proteinase K.

FAQ ID -2351

Tissue-Tek O.C.T. is an embedding compound for cryosectioning, which is soluble in water. It mainly consists of glycols and synthetic resins. Tissue-Tek O.C.T. is used as matrix for cryosectioning of tissues. Using the O.C.T. the tissue samples can be positioned more easily in the microtome and have better qualities during sectioning.

Most cryosections are fixed using non-crosslinking agents. For isolation of RNA from tissue embedded in Tissue-Tek O.C.T. using non-crosslinking agents the RNeasy Plus Micro Kit or the RNeasy Micro Kit (Protocol: Total RNA Isolation from Microdissected Cryosections), or the RNeasy Mini Kit (RNeasy Mini Protocol for the isolation of Total RNA from Animal Tissue) give great results. We strongly recommend removing as much of the embedding compound as possible prior to RNA extraction from the sections. Please see QIAGEN News article, Issue 1 1998, 'Effects of malnutrition on expression of lactase in children' for successful RNA isolation from O.C.T.-embedded tissue using the RNeasy Mini Kit.

In case crosslinking agents (e.g. formaldehyde or glyoxal-containing) were used for fixation of the tissue for cryosectioning the RNeasy FFPE Kit is the perfect choice. The RNeasy FFPE Kit is especially designed for purifying total RNA from formalin-fixed tissue sections. Special lysis and incubation conditions reverse formaldehyde modification of RNA for improved results in downstream application. The crosslinking causes the RNA to break, resulting in overall smaller molecules, which look like a smear when analyzed on a formaldehyde gel.

In case DNA as well as RNA from precious samples is of interest from the identical sections, please have a look at the AllPrep DNA/RNA Kits for unfixed tissue or the AllPrep DNA/RNA FFPE Kit for fixed tissue.

FAQ ID -530