dPCR Copy Number Variation (CNV) Probe Assays

• 200以上のウェットラボで検証済みのアッセイとインシリコアッセイ設計のためのカスタムツール
• 色素の選択により、1回の反応あたり最大5つのターゲットのマルチプレックスが可能
• 対象遺伝子、リファレンス、セントロメアリファレンスアッセイが利用可能
• すぐに使用できるアッセイは、FFPE、細胞株、gDNAなどのさまざまなサンプルで検証されています
• QIAcuityでのシンプルで高速のdPCRワークフロー
• QIAcuity Software Suiteを使用した簡便なコピー数データ分析

dPCR CNV Probe Assaysは、個々の遺伝子または対象領域についてコピー数多型を特異的に、正確に、かつ再現性のある形で解析し、容易に解釈できます。200種類を超えるターゲットのアッセイは、PCRウェットラボで検証済みで、特定のアッセイの説明ではそのようにフラグが付いています。

さらに、ウェットラボで検証済みのアッセイ提供品以外のニーズに対応するため、カスタムデザインツールも利用できます。

dPCR CNV Probe Assaysは、すぐに使用できる20倍濃縮アッセイとして、チューブ形式で利用できます。チューブには、QIAcuity Probe PCR Kit （DNAターゲット）、QIAcuity Digital PCR System、QIAcuity Nanoplatesで使用するプライマーペアと加水分解プローブが含まれています。

各アッセイでは、FAM、HEX、ROX、Atto 550、Cy5の5種類の加水分解プローブ（蛍光色素）の選択肢があります。この柔軟性により、1回のdPCR反応で最大5つのターゲットをマルチプレックス解析できるように、アッセイを混合し、適合させることができます。

製品について詳しくお知りになりたい場合は、弊社のdPCRスペシャリストより連絡を差し上げますので、こちらからサインイン してください。

卓越したアッセイ性能

dPCR CNV Probe Assaysは、2つの異なるgDNAテンプレート濃度を用いるデュプレックス解析において、優れた産物増幅と陰性および陽性区画クラスター間の分離を示します（KRASおよびTERTアッセイのデュプレックス反応の1Dおよび2D散布図を参照）。その結果、低濃度のgDNAインプットであっても、CNVの正確な解析が可能であることが示されました。8.5kナノプレートへの最小および最大ロード量については、QIAcuityユーザーマニュアル拡張版をご確認ください。

デジタルPCRを使用する正確かつ再現性のあるコピー数分析

再現性の高いQIAcuity dPCRシステムとdPCR CNV Probe Assaysは、レプリケートなしでCNV解析を可能にし、コスト効率の高い方法でサンプルスループットを向上させます。gDNAサンプルのデュプレックス解析では、すべてのレプリケートでゲノムあたりの予想コピー数が得られました（デュプレックス反応における正確で再現性のあるコピー数解析を参照してください）。gDNA連続希釈を分析する精度試験で、アッセイは優れた直線分布とクラスター分離を示します（連続希釈精度試験における直線分布を参照）。

dPCRによるマルチプレックスコピー数解析

dPCR CNV Probe Assaysによるマルチプレックス解析は、スループットを向上させ、ターゲットあたりの解析コストを大幅に削減します。さまざまな色素（FAM、HEX、ROX、Atto 550、Cy5）でこのアッセイを注文できるため、柔軟な実験設計と、1回の反応で最大5つのターゲットを同時にマルチプレックス解析できます。dPCR CNV Probe Assaysは、1回の反応で5つのアッセイをマルチプレックスした場合、優れた増幅と、陽性および陰性クラスターの分離を示します（5回のプレックス反応でのCNV検出を参照）。

すべてのdPCR CNV Probe Assaysは、ヒトゲノムの特異領域に対して設計されています。dPCR CNV Probe Gene of Interest Assaysは、高度に研究されたがんとがん関連遺伝子をターゲットにしています。dPCR CNV Probe Reference AssaysとdPCR CNV Probe Centromeric Reference Assaysには、ゲノムあたりのコピー数が異なるさまざまなリファレンスが含まれており、各解析に最適な正規化リファレンスを選択できます。実験条件に応じて、複数のGOIとリファレンスアッセイを反応に含めることができ、対象遺伝子や対象ターゲットのコピー数を正確に計算できます。

dPCR Copy Number Probe Assaysはすぐに使用できます。QIAcuity Probe PCR KitのDNAサンプルとマスタミックスに各アッセイミックスを加え、QIAcuity Nanoplateにロードし、QIAcuity装置でランを開始するだけです。各アッセイは、ヒトゲノム全体の遺伝子の特定領域のエンドポイントPCR増幅に基づいています。増幅産物は、ターゲット特異的蛍光加水分解プローブを用いて検出され、高いアッセイ特異性を保証するのに役立ちます。

ナノプレートでのdPCR反応の原理については、こちらをご覧ください。

実験のセットアップ手順はシンプルでわかりやすく、QIAcuity dPCR装置を使用するどの研究室でも実施できます。より正確なコピー数解析を行うには、サンプルからゲノムDNAを分離した後、制限酵素消化を行うことをお勧めします。高度に断片化したDNA（例：FFPE DNAや循環DNA）やcDNAに制限消化は不要です。反応ミックスで直接制限消化を行うには、反応セットアップ中に推奨の制限酵素を含めます。ターゲットアンプリコン領域内で切断する制限酵素の使用を避けることが重要です。

次に、断片化したテンプレートを、すぐに使用できるQIAcuity Probe PCR KitマスターミックスおよびdPCR CNV Probe Assayと混合し、この混合物をdPCRプレプレートの各ウェルに分注します。その後、反応ミックスをピペッティングによってよく混合し、QIAcuity Nanoplateのウェルに移します。各対象遺伝子または対象ターゲットと各リファレンスアッセイは、さまざまな蛍光色素と組み合わせることにより、マルチプレックス反応でひとつのウェルで分析できます。

ナノプレートをロードおよびシールした後、QIAcuity装置で推奨されているサイクルプログラムを実行します。QIAcuity Software Suiteの絶対定量解析では、1マイクロリットルあたりのコピー数が示されます。ゲノムあたりのコピー数を計算するには、QIAcuity Software Suiteでコピー数データ解析を選択し、対象遺伝子/領域または正規化リファレンスのナノプレートウェルを指定します。サイクルプロトコールによっては、約2時間後に、dPCRランの結果をQIAcuity Software Suiteで解析できます。

dPCR CNV Probe Assaysは、インタクトなサンプル、凍結サンプル、固定サンプルのDNAを使用して、個々の遺伝子座のコピー数異常やコピー数多型を正確に検出するのに最適です。