QIAEX II System

겔 및 용액에서 DNA 절편(40bp~50kb) 정제에 사용합니다

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QIAEX II Gel Extraction Kit (150)

Cat. No. / ID: 20021

150회 추출용: 3 x 0.5 ml QIAEX II Suspension, 완충액

Reactions

150

500

Inquire

QIAEX II System은/는 분자생물학 분야에 사용하기 위한 것입니다. 이 제품은 질병의 진단, 예방, 또는 치료용이 아닙니다.

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특징

40bp에서 50kb까지 효율적인 DNA 추출
TAE 또는 TBE 아가로스 겔 및 폴리아크릴아미드 겔에서 겔 추출
후속 반응을 방해하는 sodium iodide이 없음
큰 DNA 절편이 절단되지 않음

제품 세부 정보

QIAEX II system은 카오트로픽 염(chaotropic salts)이 존재할 때 DNA 단편이 결합되는 실리카 입자의 현탁액을 제공합니다. QIAEX II Suspension을 용액 또는 가용화된 아가로스 겔 절편에 첨가하면 DNA와 결합합니다. 짧은 원심분리를 통해 입자를 채집하고 세척한 후 Tris 완충액 또는 물에서 40bp~50kb의 DNA를 용출합니다.

성능

QIAEX II system으로 10ng~10µg의 DNA를 효율적으로 회수할 수 있습니다(그림 "일관된 회수율" 참조). 겔 절편의 배치 정제를 위한 다목적 절차는 30µl QIAEX II suspension을 사용함으로써 15µg의 결합력까지 쉽게 확대할 수 있습니다.

QIAEX II system은 60~95% DNA 절편(40bp~50kb)을 정제할 수 있는 실리카 입자를 제공합니다. 10µl의 QIAEX II suspension은 최대 5µg의 DNA와 결합하며, 이후 20µl로 용출됩니다.

크기에 따른 회수율

DNA 크기	회수율, 퍼센트*
44bp	75
75bp	75
500bp	95
7.5kb	85
23.5kb	75
48.5kb	60

* 1% TAE 아가로스 겔에 2µg 로드함.

그림 참조

일관된 회수율.

원리

QIAEX II system의 DNA 절편 정제는 아가로스의 가용화와 카오트로픽 염(chaotropic salt)이 있는 상태에서 핵산을 QIAEX II 실리카겔 입자에 선택적으로 흡착시키는 원리를 기반으로 합니다. QIAEX II는 페놀 추출이나 에탄올 침전 없이 염, 아가로스, 폴리아크릴아미드, 염료, 단백질, 뉴클레오타이드에서 DNA를 분리합니다. QIAEX II는 TAE 또는 TBE 완충액 내 모든 유형의 아가로스에 효과적입니다.

QIAEX II 입자는 겔 추출을 위한 슬러리(slurry)를 제공하며 큰 DNA 단편도 절단시키지 않고 효율적으로 회수할 수 있습니다. 최적화된 완충액을 사용하면 DNA 샘플에서 제거하기 어렵고 후속 반응에 영향을 줄 수 있는 sodium iodide 없이도 DNA를 회수할 수 있습니다.

QIAEX II system과 함께 사용되는 가용화 및 결합 완충액에는 고유한 pH indicator 염료가 포함되어 있습니다. DNA를 QIAEX II 실리카 입자에 효율적으로 흡착하기 위해 간단한 색상 변화로 결합 혼합물의 pH가 최적인지 여부를 확인할 수 있습니다(그림 "pH indicator 염료" 참조). 또한 유색 염료를 사용하면 결합 혼합물에서 불용화된 아가로스를 쉽게 확인할 수 있어 수율을 극대화할 수 있도록 완전히 용해할 수 있습니다.

가용화 및 결합 완충액에 pH indicator 염료를 넣어 DNA 흡착에 적합한 최적의 pH(pH ≤7.5)를 눈으로 쉽게 확인할 수 있습니다. 아가로스 젤 전기영동법 완충액을 너무 많이 사용했거나 잘못 조제한 경우 결합-혼합물 pH가 올바르지 않을 수 있습니다. 이 경우 pH 5.0 10µl 3M 아세트산 나트륨을 첨가하여 pH를 쉽게 조절할 수 있습니다.

그림 참조

pH Indicator 염료.

절차

용해된 겔 절편에 QIAEX II 실리카겔 입자를 첨가하고 간단한 원심분리 단계를 통해 입자를 채집합니다(순서도 "QIAEX II 절차" 참조). 세척 후, 순수한 DNA 절편을 20µl의 Tris 완충액 또는 물에서 용출합니다.

QIAEX II system은 결합 및 세척 완충액과 함께 QIAEX II suspension과 포괄적인 안내서를 제공합니다. 아가로스 겔, 용액, 폴리아크릴아미드 겔에서 DNA를 정제하기 위한 프로토콜이 제공됩니다.

그림 참조

QIAEX II 절차.

응용 분야

QIAEX II system으로 정제된 DNA는 다음을 포함한 대부분의 응용 분야에서 바로 사용할 수 있습니다.

제한효소 처리(Restriction digestion)
라벨링
라이게이션(Ligation)
PCR

특징	사양
결합력	5µg/10µl
용출량	20µl
형식	튜브
절편 크기	40bp~50kb
처리	수동
회수: 올리고뉴클레오타이드 dsDNA	회수: dsDNA 절편
<10mers 17~40mers 염료 종결자 단백질 제거	<40mers 제거
샘플 유형: 응용	DNA: PCR 반응
기술	실리카 기술

지원되는 데이터 및 수치

일관된 회수율.

QIAEX II Gel Extraction Kit를 사용하여 1% 아가로스 겔에서 다양한 양의 2.9kb DNA 절편을 회수한 것을 볼 수 있습니다.

리소스

Publications

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FAQ

Larger DNA fragments bind more tightly to the QIAquick columns. It is difficult to predict whether a DNA fragment larger than 10 kb can be efficiently recovered, because this depends on base composition as well as fragment size. If the fragment is only a few kb larger than the 10 kb limit, it can be helpful to heat the elution buffer EB to 60°C and let it incubate on the column for a few minutes before centrifuging. However, please note that it will become less likely to recover your sample the larger the fragment size is. As we cannot guarantee recovery of fragments larger than the maximum cutoff size, we do not recommend to purify such fragments using QIAquick Kits.

The QIAEX II Kit can be used to extract DNA fragments up to 50 kb from agarose or polyacrylamide gels.

FAQ ID -756

Assuming that the ligation conditions are correct, QIAEX II particle carryover may affect ligation efficiency. Under low salt conditions, enzymes may bind to QIAEX II particles, thus reducing enzymatic activity in the ligation reaction. To remove the particles, centrifuge the tube containing the DNA for 30 seconds before pipetting the DNA.

FAQ ID -141

Cut out the slice of agarose containing the DNA fragment of interest, and store it at 4^oC in an Eppendorf tube sealed with Parafilm.

FAQ ID -313

Yes, single stranded DNA can be isolated from agarose or polyacrylamide gels using the QIAEX II Gel Extraction Kit.

FAQ ID -576

DNA fragments purified with the QIAGEN DNA Cleanup Systems, i.e., the QIAquick PCR Purification Kit, the MinElute Reaction Cleanup Kit, the QIAEX II Gel Extraction Kit etc. may float out of the loading wells of agarose gels due to residual ethanol carried over from the wash step with Buffer PE (despite the addtition of glycerol-containing loading buffer).

Use either of the following options to remove residual ethanol from the eluate:

re-purify the sample using a QIAquick-, or MinElute column, or QIAEX II resin
incubate the eluate at 56°C for 10 min to evaporate the ethanol
dry down the sample in a vacuum centrifuge, and resuspend the pellet in a small volume of sterile water

FAQ ID -205

Yes, bisulfite containing methylation reactions can be cleaned up with our silica-based cleanup products, such as QIAquick and QIAEX II. Please see Goyon et al. (1994), 'Perpetuation of cytosine methylation in Ascobolus immersus implies a novel type of maintenance methylase', published in J Mol Biol. 1994 Jul 1;240(1):42-51, for a reference.

FAQ ID -519

Occasionally, DNA fragments eluted from the silica matrix of QIAquick, MinElute or QIAEX II Kits will contain denatured single-stranded DNA (ssDNA), appearing as a smaller band on an analytical gel. Under certain conditions, chaotropic agents (present in all silica-based DNA purification methods) can denature DNA fragments. This is a rare event that may be influenced by sequence characteristics such as the presence of inverted repeats or A–T-rich stretches.

Because salt and buffering agents promote renaturation of DNA strands, the following tips are recommended:

use the eluted DNA to prepare your downstream enzymatic reaction, but omit the enzyme. Incubate the reaction mix at 95°C for 2 minutes to reanneal the ssDNA, and allow the tube to cool slowly to room temperature before adding the enzyme and proceeding
alternatively, the DNA can be eluted from the silica-gel membrane or resin in 10 mM Tris buffer containing 10 mM NaCl. However, the salt concentration of the eluate must then be taken into consideration in downstream applications.

FAQ ID -148

The QIAEX II and QIAquick Gel Extraction Kit can be used to extract DNA from polyacrylamide gels.

The QIAEX II Handbook contains a protocol for Polyacrylamide Gel Extraction. A specialized User-Developed Protocol (QQ05) is available when using the QIAquick Gel Extraction Kit for this purpose.

Both protocols require the preparation of a diffusion buffer and a disposable plastic column or syringe barrel containing a Whatman GF/C filter or siliconized glass wool. To ensure optimal diffusion, cut the gel slices as small as possible, and use 2 volumes of diffusion buffer per 1 volume of gel. Increasing incubation time (protocol step 3) may result in higher yields.

FAQ ID -120